Época de la Conquista y la colonización –
El territorio tuvo su surgimiento desde los tiempos de la Conquista Española cuando en 1522, Gil González Dávila, descubridor de la Región, hizo el primer recorrido por tierra de la costa del Pacífico Costarricense desde el sector Sureste hasta el poblado indígena de Abancari (hoy Abangaritos, Cantón de Puntarenas) y aprovecho así conocer parte de lo que fuera región de los Quepoas.
Luego 40 años despues, en 1563, Juan Vázquez de Coronado visitó la zona gobernada por el Rey Quepoa Corrohore, quien, a cambio a someterse a la autoridad española, le solicitó ayuda para recatar a su hermana Dulcehe, prisionera en el sureño Reino de Coctú, petición a la que Vázquez de Coronado accedió. En 1569, Perafan de Rivera realizó una una repartición ilegal en encomienda de los pueblos conquistados, en la cual adjudicó Quepo a la Real Corona española.
Durante la Colonia, la región se organizó en el corregimiento de San Bernardino de Quepo, cuyo límite extremo hacia el Sureste llegó a ser el río Chiriquí Viejo (hoy en jurisdicción de la República de Panamá). La población originaria fue declinando paulatinamente. Las incursiones piratas fueron frecuentes entre 1709 y 1722. En 1711, en un informe del Obispo de Nicaragua y Costa Rica, Monseñor Fray Benito Garret y Arlovi al Rey de España Felipe V(Quinto), indicó que el pueblo de Quepo formaba el corregimiento más importante de la Provincia , si bien . Finalmente en 1746 Fray Juan Montoya trasladó a Boruca a los últimos pocos últimos pocos Quepoas.
Luego de la Independencia de Costa Rica en 1821, los primeros colonizadores costarricenses llegaron a la región a finales del siglo XIX. El acceso a la zona era muy difícil, la única forma de llegar a la misma era por mar desde la ciudad Puntarenas, o a caballo desde la ciudad de San Isidro del General. No fue así sino hasta 1930 , que el traslado de las operaciones bananeras de la United Company, desde Caribe al Pacífico Sur costarricenses significó la edificacion de infraestructura de oficinas, hospitales y talleres , primeramente en Parrita , y luego en Quepos en 1940.
De Aguirre a Quepos: transición de la nomenclatura del Cantón –
El Decreto Ejecutivo N°7, del 21 de Abril de 1941, en la administración de Rafael Ángel Calderón Guardia el poblado de Quepos se elevó a la categoría de distrito, constituyéndose en el décimo Distrito del Cantón de Puntarenas. En el gobierno de la Junta Fundadora de la Segunda República, el 30 de Octubre de 1948, en el Decreto Ley No. 235, se le otorgó de título de Villa a la población de Quepos cabecera del Cantón creado con esa oportunidad con el nombre de Aguirre en honor a Rolando Aguirre Lobo combatiente del Ejército de Liberación Nacional durante la Guerra Civil de Costa Rica de 1948.

Así entonces, el 1° de Noviembre de 1948 se llegó a cabo la primera sesión del Concejo de Aguirre, integrado por los regidores propietarios José Joaquín Martínez Jiménez, Presidente; Porfirio Pérez Castro y Juan Luis Brenes. El Jefe Político lo fué Wálter Guillén Aguilar.
Posteriormente , el 21 de Septiembre de 1963 en el gobierno de Francisco Orlich Bolmarich, se promulgó la Ley No. 3201 que le confirió a la villa (Quepos),la categoría de ciudad.


En 1971, el Distrito de Parrita fue segregado de Aguirre( actual Cantón Quepos) para crear el Cantón de Parrita, a la vez se elevó a la población de Naranjito a la categoría de Distrito quedando el Cantón conformado por los tres distritos que tiene en la actualidad (Quepos , Savegre y Naranjito). Como una rectificación se indica que la modificación del cambio del nombre de Aguirre a Quepos se acordó bajo Decreto el Febrero del 2015. La nueva nomenclatura hace referencia en la historia sobre el nacimiento de la comunidad, y por ende a un homenaje a la Etnia indígena Huetar de los Quepos o Quepoas.